در امور فنی، مدیریت و ارگان های کشوری از دخالت در این گونه امور خودداری خواهد کرد و قهراً قشری که بر سر کار خواهد آمد، سازمان های سیاسی، مارکسیستی و احتمالاً ناسیونالیستی خواهد بود.
اولین عاملی که فرقان را به رویارویی مسلحانه با جمهوری اسلامی کشاند، به تعبیر خودشان قربانی شدن «ارزشهای راستین تشیع سرخ علوی بود.» همچنین تلاش برای «آزاد ساختن علی از اسارت آخوندیسم» عامل دیگر این مبارزه قهرآمیز معرفی شد!
بر اساس آیه «فقاتلوا ائمه الکفر» گروه فرقان تصمیم گرفت ابتدا مرحوم قرنی و سپس مرحوم مطهری را بکشد! انتخاب مطهری برای آن بود که «فکر به قدرت رسیدن دیکتاتوری آخوندیسم و آماده سازی تشکیلاتی آن مدت ها قبل، حتی قبل از خرداد ۱۳۴۲ از طرف او طرح شده بود»
دلایلی که در این مورد گروه فرقان ذکر کرده اند، به این شرح است: «وی اصطلاح «ماتریالیسم منافق» را جعل کرده و در دین اسلام بدعت گذاشته است و از آن چماق تکفیری علیه بهترین فرزندان اسلام و قرآن ساخته است. دیگر اینکه نامبرده عضو شورای انقلاب بوده و همچنین کتاب خدمات متقابل اسلام و ایران را نوشته است که به منزله همکاری با رژیم طاغوتی است و مجازات تمام موارد اعدام است.»