سال 55 «در جهت راهیابی آزادانه به قرآن و متون اصلی» به مطالعه‌ی قرآن مشغول شد و پس از آن به ترویج دیدگاه‌های خود به عنوان مفسر انقلابی قرآن پرداخت. طلبه‌ی جوان که حتی دروس حوزوی را نیمه‌کاره رها کرده و تنها پنج سال به مطالعه‌ی قرآن پرداخته بود، به چنان فهم و استنباطی از قرآن دست یافت که نتیجه‌اش کشتن بهترین فرزندان ملت بود.
محمدمهدی جعفری که در سال 56 با گودرزی دیداری داشته، می‌گوید: «من یک جلد تفسیر آن‌ها را مطالعه کردم و به آنان گفتم که این تفاسیر انقلابی و امروزی است و مضمون آن مطابق با روح قرآن نیست. برای نمونه در داستان یوسف، گرگ به معنای ضد انقلاب گرفته شده که حضرت یعقوب یوسف را برای به دام انداختن ضد انقلاب به سوی آن‌ها فرستاده است.»
تفسیر گودرزی از قرآن، اصولاً در گفتمانی انقلابی-ضد انقلابی ارائه می‌شد. در تفسیر بخشی از سوره‌ی بقره گفته بود: «راه چاره چیست؟ … ذبح کردن گاو. آری باید واسطه‌های بازاری، سرمایه‌داران، صاحبان شرکت‌ها و کارخانه‌ها از بین بروند.»
به عقیده‌ی شهید مطهری بزرگ‌ترین انحراف فرقان که نشان از افکار مادی و مارکسیستی گودرزی داشت، خالی کردن مفاهیم قرآن از معنویت و تفسیر مادی کردن آن بود: «همه‌ی قرآن را از دیدگاه طبقاتی تفسیر می‌کنند؛ گویی قرآن آمده در هزار و چهارصد سال پیش نظریه‌ی ماتریالیسم تاریخی مارکس را بیان کند. […] همان سیاستی که مارکس پیشنهاد کرد که برای مبارزه با دین باید مفاهیم دینی را تفسیر مادی کرد.»
گودرزی هنوز 25 سال نداشت که 20 جلد تفسیر قرآن نوشته بود. شرحی دو جلدی بر صحیفه‌ی سجادیه و شرح دعای عرفه هم از محصولات کارگاه اندیشه‌ی او بود که مثل همیشه با نام مستعار به چاپ می‌رسید. فرقانی‌ها کتاب مقدس دیگری هم داشتند؛ «توحید و ابعاد گوناگون آن». گودرزی در این کتاب سعی می‌کرد با استناد به برخی آیات قرآن، برداشت عجیب خود را از مفاهیمی مانند توحید و قیامت، توجیه کند.